Dans le secret le plus total, les mystérieux Patriotes constituent l’autorité suprême des Etats-Unis. Le président américain George Sears se rebelle contre cette organisation qui fait de lui un vulgaire pantin. Sears, alias Solidus Snake, confie les tâches « délicates » à son homme de main, Revolver Ocelot : ce dernier manipule Liquid Snake, le chef d’un groupe terroriste, afin de capturer Metal Gear REX.

La contre-attaque des Patriotes est orchestrée par Richard Ames. Il enrôle à cette fin l’agent de l’unité spéciale FOXHOUND, Solid Snake (qui est par ailleurs le frère de Liquid Snake) ainsi qu’ « Otacon » Emmerich. Les deux hommes ignorent bien sûr qu’ils sont au service des Patriotes. Ocelot perd son bras droit à Shadow Moses… Liquid Snake y perd la vie. Par la suite, Ocelot se fera greffer le bras droit de son camarade décédé…

Ocelot vend les plans de Metal Gear REX aux gouvernements de nombreux pays. Suite à la dissolution de son unité, Solid Snake prend sa retraite et fonde avec son nouvel ami Otacon « Philanthropy » cette organisation lutte contre la menace que fait peser sur le monde l’existence de Metal Gear. La victoire de Snake à Shadow Moses en a fait un héros – ce qui n’était pas prévu dans le programme des Patriotes. Ils rectifieront cette erreur de parcours deux ans plus tard…
 

La mission de Solid Snake consiste à vérifier l’existence du nouveau prototype de Metal Gear. En publiant des photographies du robot, Philanthropy espère alerter les médias du monde entier, et éventuellement en apprendre un peu plus sur les Patriotes. Les deux fondateurs du groupe ignorent toujours la réelle identité des Patriotes. L’information indiquant que Metal Gear RAY est transporté dans un tanker à pétrole semble provenir de la demi-sœur d’Otacon (« E.E ») – en réalité, ce renseignement a été délibérément par Ocelot !

Metal Gear RAY est destiné à devenir la nouvelle arme secrète de la Marine, mais les Patriotes ont des projets différents… Ils envoient leur laquais, Ocelot, s’emparer de cette arme phénoménale. Sergei Gurlokovich et sa fille enceinte Olga ne sont que des marionnettes au service des Patriotes.

Un appareil électromagnétique que les Patriotes ont fait parvenir à Ocelot le protège des attaques des soldats (Fortune profitera plus tard, sans le savoir, d’un dispositif identique.)
Cependant, même cette technologie des plus avancée ne peut empêcher la conscience de Liquid Snake de prendre le dessus dans le corps d’Ocelot ! Après la dramatique intervention de Liquid Snake, sensible à la présence de son frère, Ocelot parvient à mener son plan à terme. Le Tanker coule…

Des preuves photographiques attestent que Solid Snake se trouvait sur les lieux, le rendant responsable de cette catastrophe. Du statut de héros, il passe à celui de terroriste. Notez que l’ultime transmission radio d’Ocelot (« Bien sûr, M. le Président. ») ne d’adresse pas à son ancien chef Georges Sears (Solidus), mais à son successeur : en effet, après l’incident malencontreux de Shadow Moses, Georges Sears fut destitué de son poste de Président et remplacé par James Johnson, lui aussi sous le contrôle des Patriotes.

L’endroit où les Patriotes ont fait sombrer le tanker a été minutieusement calculé : c’est exactement là où la « grosse Carcasse » doit être construite. Ce gigantesque édifice de dépollution constituera le camouflage idéal pour abriter Arsenal Gear.

Les Patriotes entament alors les préparatifs du mystérieux Projet S3. La cellule morte est dissoute, Emma Emmerich entreprend le développement d’Arsenal Gear, et Rose se voit affectée à la surveillance de Raiden. Les événements sur la grosse Carcasse n’auront lieu que dans deux ans. Leur script est pourtant déjà préparé jusque dans les moindres détails…
 

Contrairement aux apparences, la mission de Raiden est loin d’être une première. C’était lui, l’infâme enfant-soldat surnommé Jack l’Eventreur et formé personnellement par Solidus Snake. Cependant par l’intermédiaire de nanomachines inoculées dans son sang, les Patriotes ont réussi à effacer la mémoire de Raiden. Il entame cette mission, ne disposant que d’informations erronées selon lesquelles les « Fils de la liberté » seraient de simples terroristes exigeant 30 milliards de dollars de rançon, sous peine de faire exploser l’installation…

Solidus Snake est le chef des Fils de la liberté. Son groupe est composé de membres de la Cellule morte, de Revolver Ocelot ainsi que de très nombreux mercenaires sous la férule d’Olga Gurlukovich. Solidus ne rêve que de revanche contre les Patriotes. Il est loin de soupçonner que son confident, Ocelot, travaille pour ses ennemis jurés et le manipule à chaque instant.

Deux membres de la Cellule morte, Fortune et Vamp, ont rejoint la cause de Solidus : eux aussi ont des comptes à régler avec les Patriotes. Fortune doit sa chance, apparemment surnaturelle, à un appareil au sommet de la technologie ; par contre il n’existe aucune explication rationnelle pour éclaircir les étranges pouvoirs que possède Vamp. Fatman, quant à lui, poursuit un but différent : il souhaite tuer son ancien maître, Peter Stillman, et devenir le plus grand expert en explosifs que l’Histoire ait jamais connu.

La présence de chacun de ces protagonistes ne doit rien au hasard. Tout a été minutieusement planifié par les Patriotes pour récréer une simulation de l’incident de Shadow Moses. La relation entre Raiden et Solid Snake n’est pas sans rappeler celle qui existait entre Solid Snake et son père, le légendaire Big Boss. LA cellule morte joue le même rôle que les terroristes de FOXHOUND. La présence de Fatman est destinée à fournir une ultime évaluation de la forme physique de Raiden : si ce dernier venait à perdre la bataille, alors il ne conviendraitpas aux exigences du Plan S3.D’ailleurs, pendant ce combat, Fatman fournit de nombreux indices quand à son propre rôle, en parlant sans cesse des projets d’un certain « groupe ».On pourrait croire qu’il parle de la cellule morte ; il fait en réalité allusion aux Patriotes.

Et qu’aurait été Shadow Moses sans le mystérieux Ninja ? Des observateurs attentifs ont pu remarquer quelques indices sur sa véritable identité dès sa première rencontre avec Raiden, après le combat contre Fatman : le masque devient transparent un court instant, révélant le visage d’Olga Gurlukovish. Cette dernière a en effet pour tâche d’assister Raiden. Et pour retirer tout soupçon pesant sur elle, elle essaie sans relâche démasquer l’identité du Ninja. Olga est contrainte à collaborer avec les Patriotes, ces derniers ayant kidnappé son bébé à la naissance. L’enfant sera immédiatement exécuté si Raiden meurt. D’autre part, Olga n’est pas au courant du fait qu’Ocelot travaille lui aussi pour les Patriotes.

La mort de deux des otages correspond aussi au « script » de Shadow Moses. La première victime est cette fois Richard Ames. Ce laquais des Patriotes était assigné à la surveillance du Président Johnson qui, comme son prédécesseur, avait une soif de pouvoir insatiable. Ames présume que Raiden est un assassin envoyé par les Patriotes. Cependant, à cause des nanomchines de son sang, le mot « Patriotes » est censuré et tout ce que Raiden entend est : La-li-lu-le-lo. Ames meurt au moment précis où les Patriotes éteignent son pacemaker par l’intermediaire des nanomachines. Juste avant de mourir, il a le temps de réaliser qu’Ocelot lui aussi travaille pour le compte des Patriotes.

Le président Johnson est la seconde victime. Son décès est la réplique de celui du PDG Baker à Shadow Moses. Avant de mourir, il révèle l’existence d’Arsenal Gear ainsi que la fonction des Patriotes : ils forment en réalité un comité de douze sages assumant toute décision d’importance. Johnson voulait sa « part du gâteau » en en utilisant le nouveau Metal Gear pour faire pression sur les Patriotes. Il lui est même arrivé de coopérer ponctuellement avec l’ex-président Solidus pour arriver à ses fins. Il comprend, lui aussi trop tard, qu’il n’était qu’un pion dans le vaste Projet S3. Tout ce qu’il a fait avait été planifié par les Patriotes.

Arsenal Gear est une forteresse mobile, lourdement armée, ayant accès à l’intégralité du réseau militaire américain : cette machine dispose du contrôle total sur les troupes ainsci que sur les têtes nucléaires. Sa protection est garantie par une flotte de Metal Gear RAY produits en série. Arsenal Gear est aussi le réceptacle d’un système d’Intelligence Artificielle connu sous le nom de GW (En référence à George Washington) Selon Johnson, ce système contrôle le flux des données échangées dans le monde entier et élimine à son gré les informations « sensibles ». Il affirme que les Patriotes craignent la libre circulation des informations qui caractérise l’ère numérique : le système de censure assuré par GW est la clé de voûte de leur pouvoir !

Arsenal Gear est indestructible. Cependant, Johnson pourvoit Raiden d’un disque magnéto-optique conçu pour neutraliser le système GW. Le disque contient un virus informatique équivalent au programme FOXDIE de Shadow Moses. Toutefois, les Patriotes avaient anticipé l’utilisation de ce virus. Puisqu’une des tâches de GW est de filtrer le flux d’informations, le virus a été élaboré de façon à détruire toute information tendant à établir l’existence ou l’identité des Patriotes. Par-là même, le disque est paradoxalement la clef menant à toutes ces données !

Emma Emmerich, assignée au développement du logiciel d’Intelligence Artificielle d’Arsenal Gear, est la seule personne qui puisse accéder au système et activer le virus. En l’an 2000, elle faisait partie du groupe de pirates qui avait neutralisé le système informatique de la NSA pour le compte des Patriotes. Suite à cet incident, la décision fut prise de délocaliser la NSA dans une zone isolée où l’agence serait à l’abri des attaques de ce genre. Cet incident est l’un des principaux facteurs à l’origine de la fabrication d’Arsenal Gear.

Solid Snake et Olga se rencontrent alors que Raiden s’occupe d’Emma. Olga apprend la vérité au sujet de la mort de son père et la trahison d’Ocelot. Tous deux décident alors d’unir leurs forces face à l’ennemi commun. Snake profite de la capture fallacieuse de Raiden pour s’infiltrer dans Arsenal Gear. Solidus, quant à lui, fait passer un interrogatoire à Raiden et comprend que la mémoire de ce dernier a été sensiblement manipulée par les Patriotes. Il laisse la vie sauve à son fils adoptif, pensant avoir trouvé un appât idéal : Raiden lui permettrait d’identifier l’espion des Patriotes qui aurait infiltré son équipe. Par ailleurs, Solidus est persuadé d’avoir compris le sens du Plan S3. Il croit que cela signifie « Simulation de Solid Snake » ; autrement dit, il s’agirait d’une simulation destinée à fabriquer le tueur parfait.

Quand le virus commence à agir, il devient clair que le Colonel de Raiden  n’existe pas (à l’inverse du vrai Colonel Campbell de Shadow Moses). Il n’est qu’une projection implantée dans le cerveau de Raiden par les nanomachines. Peu après, Raiden doit participer à un combat inégal l’opposant à plusieurs unités RAY. Olga se sacrifie pour sauver la vie de son enfant, laissant croire à Solidus que son piège a fonctionné ; l’espion des Patriotes semble démasqué. Solidus peut alors dévoiler quels étaient ses projets : son unique désir était d’accéder à la liste des noms de tous les Patriotes. Il comptait utiliser le « filtre à données » du GW pour obtenir cette information. Fortune devait s’emparer d’Arsenal Gear pour monopoliser l’attention des Patriotes. Cependant, le GW ayant été neutralisé par le virus, Solidus a de nouveau besoin de Raiden pour poursuivre son objectif. Il espère en effet obtenir les renseignements dont il a besoin dans les nanomachines de Raiden.

Ocelot se prétend le bras droit des Patriotes. Selon lui, le Plan S3 a été conçu pour produire des soldats identiques à Solid Snake. Tout ce qu’un tel projet nécessite est la réunion des conditions appropriées, ce qui explique pourquoi une situation analogue à la crise de Shadow Moses a été minutieusement reproduite. LA présence du véritable Solid Snake constitue le seul facteur imprévu dans le script. Cependant, cette simulation est désormais terminée. Ocelot touche Fortune en pleine poitrine, mais elle survit à ce tir, son cœur se trouvant du coté droit du corps. Pendant ses derniers instants, elle prouve qu’elle mérite son surnom de « Dame Chance » et se sacrifie pour défier le destin. Elle sauve Solidus, Solid Snake et Raiden d’une mort certaine face au aux assauts démesurés d’Ocelot. Solid Snake est enfin libre ces menottes ayant été touchées par un des nombreux tirs.

Subitement, Liquid Snake prend le contrôle d’Ocelot. C’est lui qui avait instigué la participation de Solid Snake à ces évènements : seule la présence de son frère peut lui permettre de prendre le dessus sur la personnalité de son « hôte »… comme cela s’était produit deux ans auparavant sur le tanker. Grâce à Ocelot, Liquid Snake pense savoir tout ce dont il a besoin pour mener sa guerre contre les Patriotes. Il active Arsenal Gear, le lance sur Manhattan, et disparaît aux commandes d’un Metal Gear RAY. Solid Snake pose un émetteur sur le robot, même s’il doute des chances qu’a Liquid de trouver les Patriotes. En effet, c’est Snake qui a gardé le disque magnéto-optique contenant la totalité des données : il avait laissé à Raiden un disque factice – une sage précaution : L’analyse des données révèlera un peu plus tard une liste de douze noms. Parmi eux figure l’un des donateurs les plus importants de Philanthropy !

Jusqu'à présent, Snake et Otacon semblaient être les deux seuls protagonistes agissant de plein gré. Pourtant l’information qui les a conduits à la grosse Carcasse provient de Liquid. ET leur objectif principal est de lutter contre les Metal Gear… Seraient-ils en fin de compte, eux aussi, manipulés par les Patriotes ? C’est précisément au moment où toutes ces questions se posent que se profile l’énigme la plus déconcertante de l’intrigue : els hommes correspondant aux douze noms sont morts depuis plus d’un siècle !

Solidus et Raiden se retrouvent face-à-face pour un duel final sur le « Federal Hall ». c’est juste à cet endroit George Washington fut investi en tant que premier président, élu démocratiquement il y a 230 années. Et c’est encore à cet endroit que Solidus entend proclamer une nouvelle déclaration d’indépendance. Il affirme n’avoir jamais aspiré au pouvoir lui-même. Il désire seulement amener les Patriotes à reconnaître et à respecter les droits de libertés fondamentales de l’individu –principes sur lesquels les Etats-Unis ont été bâtis à l’origine. Selon lui,ce sont justement ces principes que les Patriotes auraient l’intention d’anéantir par leur censure numérique.

Contre toute attente, le Colonel entre de nouveau en contact avec Raiden, alors m^me que le GW a été désactivé. Il semble que l’intelligence artificielle ait d’autres moyens pour se manifester. Il révèle à Raiden le secret des Patriotes : « Tout d’abord, je tiens à préciser qu’in ne peut pas vraiment nous qualifier… d’êtres humains. Au cours des deux cents dernières années, une sorte de conscience s’est forgée par couches successives dans le creuset de la Maison Blanche. On pourrait comparer ce phénomène à celui des océans qui ont vu naître la vie il y a quatre milliards d’années… La Maison Blanche a constitué notre milieu primaire, la base même de notre évolution. Sous l’égide du drapeau, nous nous sommes nourris de la religion nationale du capitalisme. Nous les Patriotes, sommes informes… Nous incarnons la discipline et la moralité dont ne cessent de se prévaloir les Américains. Comment peut-on seulement espérer nous éliminer ? Indissociable du sort de cette nation, nous vivrons aussi longtemps qu’elle… 

S3 n’a en fait rien à voir avec Solid Snake. Cela signifie en fait « Sélection pour la Santé mentale de la Société » et correspond à un système mis au point pour contrôler la volonté et la conscience humaine. L’expérience qu’a vécue Raiden depuis le début de sa mission n’en est que l’aboutissement le plus élaboré. Shadow Moses a été choisi comme paradigme parce que les circonstances u étaient extrêmes – une manière idéale de pouvoir évaluer l’efficacité du système. Les Patriotes doivent leur réussite à Raiden. Le colonel lui déclare d’ailleurs : « En fait, ta personne, tes expériences, tes triomphes comme tes défaites sont secondaires. Notre objectif réel était de pouvoir les générer et les manipuler. »

Mais les Patriotes ajoutent cependant que ce contrôle des comportements de l’homme vise en réalité le bien de l’Humanité : « Dans notre monde numérisé, les informations insignifiantes s’entassent seconde après seconde. Elles ne flétrissent jamais et sont accessible à tout instant. Ce sont des rumeurs concernant des problèmes futiles, des interprétations erronées, des calomnies… Ces données sans importance sont préservées sans avoir fait l’objet d’aucun filtrage et s’accumulent à un rythme alarmant. Elles ne font que ralentir le progrès social et réduire le niveau d’évolution des hommes ! » ; « Nous sommes les seuls à pouvoir barboter dans l’océan des déchets que vous produisez afin d’en puiser des vérités intéressantes. Nous en interprétons ensuite la signification pour la transmettre aux générations futures. C’est ce que nous appelons ‘donner un contexte’ aux choses. »
 

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